対象インスタンス内にエージェントをインストールする必要はありますか。

はい、エージェントをインストールする必要があります。AppKeeperはAWS Systems Manager エージェント (SSM エージェント) を利用しますので、監視対象のインスタンスに、SSMエージェントをインストールするようにしてください。