AppKeeperを使用するにあたり、IAMロール以外にAWSで設定するものはありますか。

AppKeeperとして必要な設定は特にございません。SSMに関してはAWSの公式マニュアルに書かれている前提条件を満たすようにしてください。

Systems Manager の前提条件

https://docs.aws.amazon.com/ja_jp/systems-manager/latest/userguide/systems-manager-prereqs.html